除了定期抽水肥外，還應注意化糞池的適當維護。
1.避免將微生物無法分解的物質進入馬桶。
例如：衛生棉、塑膠袋、布料等等，一旦這些物質進入馬桶，除了造成嚴重堵塞的可能外，也會占滿化糞池容量，造成化糞池的儲存時間大幅縮短。
2.注意排氣口與通風口，使其保持順暢
如此才不會因為空氣不足造成馬桶沖水，產生異音或水路不順。
3.化糞池清潔口需保留，不可將其封死。
如果將化糞池清潔口封死，不利於之後抽水肥作業，也容易造成堵塞，導致維護、清潔的不便，因此切勿為了壓制異味而堵死清潔口。當有異味出現時，正確做法應該是請專業人士判斷原因，並進行抽水肥作業，如此才能從根源解決異味問題。
綜上所述，由於化糞池主要是利用微生物協助分解糞水，因此平時就應該要好好保養、維護化糞池，才能幫助化糞池正常運作，避免不到半年化糞池就滿了，還要再支出更多抽化糞池價格費用。
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